Jak wynika z ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. Nr 84, poz. 712), system realizacji programu operacyjnego musi uwzględniać co najmniej jeden środek odwoławczy przysługujący wnioskodawcy w trakcie ubiegania się o dofinansowanie.

W przypadku, gdy instytucja zarządzająca, instytucja pośrednicząca lub instytucja wdrażająca pisemnie poinformuje wnioskodawcę o negatywnej ocenie jego projektu, wnioskodawca może wnieść środki odwoławcze przewidziane w systemie realizacji programu operacyjnego, w terminie, trybie i na warunkach tam określonych, a są nimi: protest oraz odwołanie.

Protest jest pisemnym wystąpieniem podmiotu wnioskującego o dofinansowanie projektu o ponowne sprawdzenie zgodności złożonego wniosku z kryteriami wyboru projektu, wskazanymi w ogłoszeniu o konkursie. Natomiast odwołanie służy ponownemu rozpatrzeniu kwestii będących przedmiotem protestu.

Powyższe środki odwoławcze przysługują tylko podmiotowi składającemu wniosek o dofinansowanie lub działającemu w jego imieniu pełnomocnikowi. W przypadku otrzymania informacji o odrzuceniu projektu albo o umieszczeniu projektu na liście rankingowej jako projekt rezerwowy, wnioskodawca w pierwszej kolejności uprawniony będzie do wniesienia pisemnego protestu w terminie 14 dni od dnia doręczenia mu wspomnianej informacji.

W przypadku, gdy konkurs jest ogłoszony i prowadzony przez instytucję pośredniczącą, protest jest wnoszony, a następnie rozpatrywany przez odpowiednią instytucję pośredniczącą, natomiast odwołanie jest wnoszone do i rozpatrywane przez instytucję zarządzającą.

Z kolei w przypadku, gdy konkurs jest ogłoszony i prowadzony przez instytucję pośredniczącą II stopnia (IP II) protest jest wnoszony, a następnie rozpatrywany przez odpowiednią instytucję pośredniczącą II stopnia (IP II), odwołanie zaś jest wnoszone i rozpatrywane przez instytucję pośredniczącą lub w przypadku priorytetu V PO KL instytucją zarządzającą.

Wnioskodawca składający protest powinien podnieść w nim wszelkie zarzuty, które są według niego zasadne, gdyż w trakcie postępowania odwoławczego niedopuszczalne jest rozszerzenie przedmiotu protestu o zarzuty dotyczące kryteriów niewskazanych w proteście. Właściwa instytucja rozpatruje protest w terminie jednego miesiąca od dnia jego doręczenia.

W przypadku nieuwzględnienia protestu wnioskodawca uprawniony będzie do wniesienia odwołania w terminie 7 dni kalendarzowych od dnia doręczenia wnioskodawcy informacji o negatywnym rozpatrzeniu protestu. Zakres przedmiotowy odwołania nie może być rozszerzony, zdeterminowany jest bowiem zakresem wcześniej wniesionego protestu.

Natomiast po wyczerpaniu środków odwoławczych przewidzianych w systemie realizacji programu operacyjnego, o których mowa powyżej, i po otrzymaniu informacji o negatywnym wyniku procedury odwoławczej, wnioskodawcy przysługuje skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego.

Powyżej opisana procedura odwoławcza ma jednak jeden, poważny mankament. Zgodnie z art. 30 b ust. 1 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, wnioskodawca może wnieść środki odwoławcze tylko i wyłącznie w przypadku negatywnej oceny projektu. Potwierdzone to zostało także w Zasadach dotyczących wyboru projektów w ramach PO KL z dnia 10 lipca 2009 roku: "Środki odwoławcze przysługują wyłącznie wnioskodawcom, których wnioski uzyskały ocenę negatywną". Wada systemu polega na tym, że złożenie protestu nie przysługuje wnioskodawcy, którego wniosek został oceniony pozytywnie, lecz nie został przyjęty do dofinansowania z powodu wyczerpania alokacji, a więc braku środków, które mogłyby być przeznaczone na dofinansowanie projektu.

Projekty ocenione pozytywnie, ale nie przyjęte do dofinansowania, pozostają zatem bez jakiejkolwiek ochrony prawnej, co wydaje się być naruszeniem podstawowych zasad prawa. Należy zadać sobie pytanie, czy taki stan rzeczy był celowym zabiegiem ustawodawcy, czy może omyłką, niezauważoną na etapie legislacyjnym?

Co prawda, obecny stan prawny przewiduje pewne wyjście z powyższej sytuacji. Mianowicie art. 52 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 roku prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2002 roku, Nr 153, poz. 1270 ze zm.) wskazuje, iż: „Jeżeli ustawa nie przewiduje środków zaskarżenia w sprawie będącej przedmiotem skargi, skargę na akty lub czynności […] można wnieść po uprzednim wezwaniu na piśmie właściwego organu - w terminie czternastu dni od dnia, w którym skarżący dowiedział się lub mógł się dowiedzieć o wydaniu aktu lub podjęciu innej czynności - do usunięcia naruszenia prawa.”

Zaskarżeniu do sądu administracyjnego podlegają akty i czynności inne niż określone w art. 3 § 2 pkt. 1 - 3 ustawy prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, a więc nie mające charakteru decyzji lub postanowień, natomiast dotyczące uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa. W doktrynie przyjmuje się, że „wynikanie” uprawnień lub obowiązków z przepisów prawa w rozumieniu art. 3 § 2 pkt. 4 ustawy prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi obejmuje zarówno pośrednie, jak i bezpośrednie oparcie uprawnienia lub obowiązku na przepisie prawa (Komentarz – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, W. Dauter, B. Gruszczyński, A. Kabat, M. Niezgódka – Medek, Zakamycze, 2006, wyd. II).

Warto też przytoczyć orzeczenie NSA, zgodnie z którym przez akty lub czynności organu administracji publicznej...należy rozumieć głównie działania materialno – techniczne, wywołujące określone skutki prawne. Działania te mogą mieć charakter władczy, z tym że nie są to rozstrzygnięcia władcze, gdyż wówczas mamy do czynienia z decyzją administracyjną (uchwała NSA z dnia 8 września 2003 roku, OPS 2/03, ONSA 2004, nr 1, poz. 5, s. 79).

Z kolei art. 30g ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju stanowi, iż informacje otrzymywane przez wnioskodawcę dotyczące oceny jego wniosku, a także w trakcie procedury odwoławczej, nie stanowią decyzji administracyjnej.

Powyższe rozwiązanie nie wydaje się jednakże zapewniać wystarczającej ochrony i należałoby jak najszybciej tę ochronę rozszerzyć, przewidując możliwość złożenia środków odwoławczych przewidzianych w systemie realizacji programu operacyjnego, także w przypadku projektów ocenionych pozytywnie.